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进化论是当代生物学的基石，进化论的成立是通过大量的实验数据和生物研究得出的，而“用进废退”则仅仅停留在假说的层面，二者从本质上说确实有矛盾的地方。那么，为什么科学上一直支持进化论，却说“用进废退”的假说不成立呢？我们简单地来探讨一下这个问题。
首先，我们简单来了解一下“用进废退说”
用进废退是拉马克进化学说中的一个组成部分，它是由法国生物学家拉马克于年在《动物学哲学》中提出的一个理论。他认为：生物经常使用的器官会变得发达，而不经常食用的器官会逐渐的退化，而且他认为用进废退是可以遗传的。
这个理论乍一看没有什么问题，毕竟运动员的肌肉确实比正常人要发达。但是，如果仔细的推敲一下，我们就能发现其中的漏洞。首先是“用进”的遗传，我们以人类为例，如果两个足球运动员男女结合，按照用进的理论，他们的后代应该是能够获得足球方面的天赋的，比如更强的耐力、奔跑能力、爆发力。但事实上，足球运动员的后代可能也当不了足球运动员。
其次，我们再来看看废退。我们再举个自然界的例子，大熊猫是从始熊猫进化而来的，在漫长的进化中，大熊猫的食性逐渐由食肉变为食素（竹子），按理说，吃粗纤维的植物，臼齿应该如食草动物那样发达，而且消化道也应该像其他食草动物那样，并且不用来捕猎的犬齿应该退化掉，但事实上，大熊猫的牙齿结构以及消化道与其他的熊科动物并没有差异。
而且按照用进废退的说法，如果将一种动物的某个器官去除掉，而且还是多代去除，它们的这个器官就等于被“废掉”了，按理说应该是退化的。但是，德国科学家魏斯曼做了一个老鼠去尾的实验，他将一对雌雄老鼠的尾巴剪掉后让它们正常的繁殖，它们的后代还是有尾巴，而且魏斯曼并不是只剪掉了一代老鼠的尾巴，而是连续对这对雌雄老鼠的21代后代全部剪去了尾巴，但是第22代老鼠依然是有尾巴的。
并且分子遗传学的研究也表明，物种的器官使用或者不适用，都不会作为编码写入染色体中，而后代的产生就是染色体的结合。因此，种种迹象表面，用进废退说确实存在一些漏洞，而正是这些漏洞，让用进废退说在科学界为人诟病。
进化论
进化论也就是达尔文发表的《物种起源》，该著作被认为是当代生物学的核心思想。许多人对进化论持怀疑态度，这其实是一件好事，毕竟科学就是在不断的推翻和重建的过程中进步的。而许多人对进化论持怀疑态度的主要原因就是把“进化”二字固化了，简单的说许多人认为进化就是物种越来越高级。其实，这是一个错误的认知，因为进化论其实是演化论，达尔文认为：生物的变化只是为了更好地适应环境，不存在进步或者倒退的概念。
进化论要表达的中心思想是：物种是可以改变的，而促使物种改变的是自然选择。从目前生物的演化过程看，自然选择确实是唯一一种可以解释物种适应性理论。我们举几个例子，老虎是现存食物链最顶端的食肉动物之一，而且现代老虎算上已经灭绝的，一共有9个亚种，它们的分布不同，体型大小也有差异，但是有一个共同的特点那就是身上都有斑纹，而且即便是白化的老虎，身上的斑纹也不会消失。这就是自然选择的定向选择，这证明有斑纹的老虎在原生环境中更容易生存（与环境色更为接近，更有利于自己的偷袭捕猎）。
再比如达尔文在加拉巴格群岛上发现了13个雀鸟物种，它们均为近亲，但是为了减少竞争，不同的雀鸟的喙长度发生了改变，这是为了更好地适应不同的食物而产生的变化，从而让自己的族群更容易生存下来。
还有在自然界中，原本完全不同的两个物种会有相似的特征，这也是自然选择的主要表现之一。比如海豚是哺乳动物，但是为了更好地在海洋中生活，它的形态与陆地哺乳动物迥异，反而与毫无关系的鱼类非常相似，这就是趋同演化的结果，目的同样是为了更好的生存。
而这一切的一切，看似是动物自身做出的改变，但实际上是自然对某一性状的动物做出的选择。而性状的优劣势完全取决于当下的环境，比如在冰河时代，拥有长毛的动物显然生活得更好，但是一旦冰河结束，气温升高，这种原本“优”的性状就会变成“劣”。
因此，进化论的自然选择是有很强科学性的，它能够解释生物适应环境的机制。
当然，不得不承认，进化论也是有一定的漏洞的，因为进化论下的生物演化需要一个非常长的过程，期间一个物种不会凭空出现，也不会突然发生巨大的改变。但是，这无法解释寒武纪生命大爆发、同时，按照进化论，任何的物种都是有祖先，并且有演化史的，那么这个物种的各个阶段的化石是最有说服力。但事实上，有许多的生物缺少过渡性的化石。
不过，进化论早在19世纪就发表了，随着科学的进步，许多所谓的漏洞都已经有了解释，比如遗传漂变、分子进化等等，都能填补当时进化论的一些漏洞和空白。但是，我们不可否认的是进化论的基石作用。
总结
进化论和用进废退说的本质区别在于进化论有着大量的科学验证作为基础，而用进废退说还仅仅停留在想象的层面上，确实科学数据支撑。而且从本质上看，用进废退说与进化论确实是矛盾的，它们的主要矛盾点在于前者是生物自主的选择，而后者是自然的选择。