药物牙膏几乎完全替代了普通牙膏，目前市场上绝大多数牙膏都是药物牙膏，种类各种各样，有预防龋齿的牙膏，有防治牙周病的牙膏，有脱敏的牙膏，有美白的牙膏，有防治口臭的牙膏人类口腔细菌种类繁多，这些微生物在口腔特定的环境中造就不同的口腔疾病，药物牙膏有抑制口腔细菌生长繁殖的能力，从而预防和治疗口腔疾病的发生、发展。
使用药物牙膏，首先，应该根据自己口腔情况选择合适的药物牙膏；其次，在使用药物牙膏的时候，最理想的方法是将牙膏挤在牙刷上，然后先蘸些清水，在牙齿上面清清刷洗几下，让牙膏产生泡沫，将牙刷取出来，牙膏泡沫含在口腔中，使之充满口腔及牙齿的各个缝隙之间，这个时候可以配合用手指按摩牙龈，约过1~2分钟之后再用牙刷刷牙，这样的话牙膏中的药物就能够广泛的接触牙齿以及牙龈、牙缝，得以充分发挥；刷牙完成之后，用清水漱口，直至口腔中没有泡沫、没有药味为止，以免残留的药物牙膏以及杂志刺激牙龈和口腔黏膜，尤其是儿童或孕妇在使用药物牙膏的时候更应该注意彻底漱净，以免影响健康。
口腔中的细菌大致有两类，致病性细菌和非致病性细菌之间相互制约、共同存在，保持着口腔内的细菌群落之间的生态平衡，长期使用杀菌力强的药物牙膏，不仅会使口腔中的致病菌产生抗药性，而且在抑制、杀灭致病菌的同时，也会抑制、杀灭口腔中的正常菌群，使口腔菌群之间中的生态平衡遭到破坏，引起新的口腔疾病和新的感染。
需要注意的是，有一些药物牙膏中含有生物碱和刺激性强的物质，长期使用，不但损害口腔内娇嫩的黏膜，还会因长期不断的刺激，引起牙龈炎、口腔炎、舌炎，有过敏性哮喘的人会因药物牙膏的刺激性异味而发生喘咳和肠胃道的不适反应。有一些含有氯已啶（洗必太）药物的牙膏还含有色素，长期使用会污染牙面，使牙齿失去光泽，影响美观，这类牙膏也很容易引起口腔内味觉的改变、加速牙结石的形成。此外，使用药物牙膏刷牙，部分药物可能会进入肠道，进入肠道中的药物牙膏，可抑制大肠杆菌的生长，使肠道中的大肠杆菌数量减少，并可能引起人体的维生素B和维生素K等元素的缺乏。
在使用药物牙膏的时候，注意不要常年使用一个品牌的牙膏，尤其是不要常年使用含有某些广谱抗生素的药物牙膏，这样势必会抑制正常栖息口腔中的固定菌群而破坏正常细菌之间的生态平衡，产生机会性或条件性致病菌，反而不利于口腔健康和牙齿的健康。所以在选择药物牙膏的时候，应该选择对致病菌有特异性的抗病作用，但又不影响正常口腔生态平衡的药物牙膏，最简单的办法是用完一种药物牙膏之后，改用另一种类型的药物牙膏；或者，药物牙膏与普通牙膏交替使用，这样更能发挥药物牙膏的功效而又不至于产生抗药性，更有利于口腔健康。
总之，不论是口腔健康或是有龋齿、牙周疾病的人，都是可以使用药物牙膏的，但是药物牙膏不是万能的，患了龋齿、虫牙之后，再多的药物牙膏也是无济于事；已经有了牙龈炎、牙周炎，使用药物牙膏充其量只能缓解部分症状，药物牙膏是不能治疗口腔疾病的，最医院进行治疗，药物牙膏的真正作用只是在于预防。
通常来说，普通牙膏已经具备有一定的消炎杀菌、清新口气的作用，只要刷牙方法正确、刷牙时间足够的话，照样能够达到清洁牙齿和口腔保健的作用。如果确实需要或者喜欢使用药物牙膏的话，建议不宜长期使用一种药物牙膏，几种药物牙膏应经常交替使用。长期盲目使用单一品牌或同种药物类型的药物牙膏的做法是不妥当的，不仅无益口腔健康，反而有害。含氟化物的脱敏牙膏和中草药牙膏药物浓度比较高，刺激性比较强，适合于中、老年人，不适合于口腔黏膜稚嫩的儿童。
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